Bislang wurde das Mikrobiom des Darms in der Regel indirekt aus Stuhlproben der Patientinnen und Patienten analysiert. Im Stuhl befinden sich neben Nahrungsresten sowohl Bakterien des Mikrobioms als auch menschliche Zellen der Darmschleimhaut. Den bisherigen Analysen fehlten jedoch räumliche Informationen - wo im Darm sich bestimmte Mikroben befinden und mit welchen menschlichen Zellen sie interagieren.